Ở tập trước, người đen đủi nhất thế gian có lẽ là nhân vật Mạc Kiên, người từng phụ trách thi công dự án mới được mãn hạn tù. Tuy nhiên, khi Kiên vừa ra tù cũng là lúc các phe phái đồng loạt tranh giành, đe dọa anh về phục tùng mình: một bên là Tuấn 'mỏ' (NSƯT Hoàng Hải), một bên là Đặng Trung và Long 'nhà thổ', một bên là Cương 'chột' và Hải My , bên còn lại là cảnh sát hình sự.
Lý do được cho là bởi Kiên đang giữ một thứ giữ gì đó vô cùng quan trọng, có thể đó là manh mối liên quan đến bộ hồ sơ cá sấu đang bị thất lạc.
Không dám làm trái lời Tuấn 'mỏ', Mạc Kiên đã sắp xếp hẹn gặp Cương 'chột để đám Tuấn 'mỏ' tóm được Cương. Trong lúc đôi bên đánh nhau một trận nhừ tử, Cương đã bị đâm một nhát dao khá sâu vào bụng nhưng vẫn kịp thời chạy thoát. Đội trưởng đội cảnh sát – Vũ (Bảo Anh) xuất hiện cùng lúc đó và ngỏ ý đưa Cương đi viện nhưng Cương nhất định không chịu hợp tác, hắn nổ máy rồi phóng xe đi mất trong đêm.
Sau khi thoát thân, Cương đến trú tạm tại nhà của Hải My. Cô nàng giúp anh băng bó lại vết thương rồi nằm nghỉ, nghe theo lời anh dặn không được gọi bác sĩ. Tính mạng của Cương cũng coi như là tạm qua cơn nguy kịch.
Mối quan hệ giữa chị em Nguyệt và Thu vẫn vô cùng căng thẳng. Hải là người ở giữa nên cũng rất khó xử không biết phải khuyên nhủ sao cho em vợ hiểu chuyện. Trong một lần gặp gỡ và tâm sự với Thu, Hải đã cho cô nàng mượn bờ vai vững chắc của mình để khóc. Và Lan (Lan Phương) đã tình cờ chứng kiến cảnh tượng trên, cô rất lo cho hạnh phúc gia đình của bạn thân mình.
Ở tập 29 Hồ sơ cá sấu, có vẻ như Mạc Kiên cũng không thể chịu ngồi yên nữa nên đồng ý hợp tác với Cương và Hải My nên anh ta đã gợi ý cho Cương tìm ra những hồ sơ quan trọng để lật lại vụ án năm xưa. Đây sẽ là những bằng chứng quan trọng để kéo nhóm lợi ích "xuống nước".
Hải My nói với Kiên: "Anh chấp tên này làm gì, anh ta vừa mới ăn nhát dao nên thần kinh hơi có vấn đề. Nhưng mà tình hình đúng là không ổn thật đâu anh ạ. Tuấn "mỏ" với Long "nhà thổ" bắt đầu sống mái với nhau, trâu bò đánh nhau thì anh em mình nằm im cũng dính đạn". Nắm rõ lời lẽ của Hải My, Mạc Kiên cho rằng: "Em chỉ muốn bản thảo quy hoạch có bút phê cho thằng Cương chứ gì?"
Trong một tình tiết khác, Tuấn "mỏ" theo sự sắp xếp của Quyết đã bay ra Hà Nội để gặp "sân sau" là quan chức trung ương. Sự giỏi giang, xoay chuyển tình thế và chuyên nghiệp rất được việc của Quyết khiến Tuấn rất hài lòng. Còn Huy "nổ" vẫn tiếp tục tìm cách ly gián Tuấn và Quyết.
Ngoài ra, vụ án ông Huynh có diễn biến mới khi cô giúp việc của gia đình ông này khai báo sự thật. Hóa ra, cô giúp việc từng bị hăm dọa, đánh đập vì phát hiện ông Huynh ngoại tình và làm mất một tài liệu quan trọng.
Hồ sơ cá sấu tập 29: Mạc Kiên cuối cùng có chọn về phe của Cương và Hải My? Phim Hồ sơ cá sấu tập 29 sẽ phát sóng tối nay ngày 11/3.