Liên quan tới vụ việc tiêu cực thi cử tại 3 tỉnh Hà Giang, Sơn La, Hoà Bình trong Kỳ thi THPT Quốc gia 2018, ngày 21/8/2019, Bộ GD&ĐT ban hành đã ban hành một số văn bản nội bộ. Cụ thể, Bộ trưởng Bộ GD&ĐT Phùng Xuân Nhạ đã ban hành quyết định số 2450/QĐ – BGDĐT về việc thành lập 13 Hội đồng kỷ luật công chức. Hội đồng kỷ luật có nhiệm vụ tư vấn về việc áp dụng hình thức kỷ luật công chức đối với hành vi vi phạm trong việc thực hiện nghĩa vụ công chức trong thi hành công vụ.
Bộ GD&ĐT hủy quyết định xem xét kỷ luật 13 cán bộ liên quan gian lận thi cử 2018 được ký trước đó.
Tối ngày 30/8, Bộ GD&ĐT đã phát đi thông báo của Thứ trưởng Lê Hải An cho biết, đã chỉ đạo các đơn vị liên quan tổ chức họp kiểm điểm và báo cáo kết quả. Căn cứ kết quả kiểm điểm của các đơn vị, có 13 cá nhân có trách nhiệm về mặt quản lý nhà nước liên quan đến tổ chức Kỳ thi THPT quốc gia 2018.
Theo danh sách công chức bị xem xét kỷ luật kèm theo, nhiều người trong số đó là Cục trưởng, Cục phó Cục Quản lý chất lượng; Cục trưởng Cục Công nghệ Thông tin; Vụ trưởng các vụ Pháp chế, Giáo dục Trung học; Chánh và Phó Chánh Thanh tra, các thanh tra viên, thanh tra chuyên ngành, phụ trách phòng quản lý thi,... của Bộ GD&ĐT.
Thứ trưởng Bộ GD&ĐT Lê Hải An khi đó cho biết, đây chưa phải là các công chức bị kỷ luật, mà chỉ là một bước trong quy trình xem xét kỷ luật công chức theo quy định. Hội đồng kỷ luật của Bộ GD&ĐT sẽ xem xét, đánh giá công tâm, khách quan để tư vấn cho Ban Cán sự Đảng, Bộ trưởng Bộ GD&ĐT xem xét, quyết định thấu tình, đạt lý.
Sau khi Bộ GD&ĐT ban hành các quyết định trên, theo một số chuyên gia pháp lý cho rằng văn bản này chưa đảm bảo chặt chẽ về mặt pháp lý, không thỏa đáng, ảnh hưởng đến tâm lý cán bộ.
Theo đó, ngày 9/9/2019, Bộ GD&ĐT đã quyết định thu hồi các văn bản nội bộ chưa thực hiện ký ngày 21/8 để tiến hành quy trình xem xét kiểm điểm trách nhiệm về mặt công tác Đảng như hướng dẫn của Uỷ ban Kiểm tra Trung ương.
Sau khi có kết quả kiểm điểm trách nhiệm, nếu tổ chức, cá nhân nào có khuyết điểm, vi phạm, Bộ GD&ĐT sẽ thực hiện quy trình xem xét kỷ luật theo đúng quy định hiện hành.