Theo Quyết định số 791/QĐ-TTg ngày 12/8/2005 của Thủ tướng Chính phủ, 5 bến cảng trên sông Sài Gòn phải được di dời giai đoạn trước năm 2010 gồm khu bến Tân Cảng Sài Gòn, bến cảng nhà máy đóng tàu Ba Son, bến cảng Nhà Rồng-Khánh Hội (cảng Sài Gòn), khu bến cảng Tân Thuận và bến cảng Rau Quả.
Đại diện Sở Giao thông Vận tải Thành phố Hồ Chí Minh cho biết quan điểm của thành phố là phát triển cảng gắn với phát triển đồng bộ hệ thống giao thông kết nối với cảng; ưu tiên phát triển các bến cảng tại khu cảng Hiệp Phước (huyện Nhà Bè), hạn chế tăng công suất hàng hóa thông qua khu vực cảng Cát Lái (quận 2) tiến tới di dời hoặc dừng hoạt động các bến trên sông Sài Gòn.
Hiện nay, Cục Hàng hải Việt Nam (Bộ Giao thông Vận tải) đang điều chỉnh quy hoạch chi tiết nhóm cảng biển số 5 đến năm 2020 định hướng đến năm 2030.
Trên cơ sở đó, cảng Tân Thuận thực hiện di dời trước năm 2020 để phục vụ xây dựng cầu Thủ Thiêm 4, các bến cảng còn lại tiếp tục hoạt động theo hiện trạng, không đầu tư mở rộng phát triển thêm và nghiên cứu di dời sau năm 2020 hoặc chấm dứt hoạt động khi hết thời hạn thuê đất.
Tuy nhiên, đến nay đã hơn 10 năm trôi qua, việc di dời cảng biển Thành phố Hồ Chí Minh theo Quyết định số 791/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ vẫn diễn ra hết sức chậm chạp. Đến nay, chỉ có cảng Tân Cảng Sài Gòn đã hoàn thành di dời năm 2014.
Bến cảng nhà máy đóng tàu Ba Son đang được triển khai, một phần nhà máy đóng tàu Ba Son đã hoàn thành việc di dời, bàn giao cho Tập đoàn Vingroup làm dự án nhà ở thương mại và Ban quản lý đường sắt đô thị để làm ga Ba Son tuyến metro số 1. Hiện còn ụ nổi và một phần cầu cảng đang hoạt động, phục vụ tàu ra vào cập bến để sửa chữa.
Bến cảng Tân Thuận Đông hiện đang hoạt động khai thác, chưa thực hiện di dời. Do quy hoạch xây dựng cầu Thủ Thiêm 4 không đi qua bến cảng này nên Sở Giao thông Vận tải Thành phố Hồ Chí Minh kiến nghị quy hoạch khu bến cảng này tiếp tục hoạt động theo hiện trạng, không đầu tư phát triển thêm và nghiên cứu di dời sau năm 2020 hoặc chấm dứt hoạt động khi hết thời hạn thuê đất.
Đối với bến cảng Rau Quả, đã được Công ty cổ phần Cảng rau quả đề xuất chuyển đổi công năng và đã được Chính phủ thống nhất chuyển sang nhóm di dời sau năm 2020 và được thực hiện chuyển đổi công năng tại chỗ.
Đặc biệt, đối với bến cảng Sài Gòn, hiện nay, Công ty cổ phần Cảng Sài Gòn đang thực hiện việc di dời cầu cảng và các tài sản trên khu cảng. Dự kiến, trong năm 2017, công ty sẽ hoàn tất công tác di dời để bàn giao mặt bằng cho Công ty trách nhiệm hữu hạn Đầu tư phát triển đô thị Ngọc Viễn Đông - chủ đầu tư dự án xây dựng hạ tầng kỹ thuật khu cảng Nhà Rồng-Khánh Hội.
Sở Giao thông Vận tải thành phố đã kiến nghị Ủy ban Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh xem xét, chấp thuận chủ trương giữ lại một phần cầu cảng để tiếp nhận tàu khách quốc tế đến thành phố.
Trong khi đó, việc đầu tư xây dựng cảng Sài Gòn-Hiệp Phước, giai đoạn 1 tại huyện Nhà Bè phục vụ di dời khu cảng Sài Gòn đã được Công ty cổ phần Cảng Sài Gòn đầu tư hoàn thành 200/600m cầu cảng theo phân kỳ giai đoạn 1 và đã được Cảng vụ Hàng hải Thành phố Hồ Chí Minh cấp phép hoạt động 6 tháng/lần. Đoạn 300m cầu cảng tiếp theo đang hoàn thiện, dự kiến đưa vào khai thác trong năm 2017.
Hiện nay, đường Nguyễn Tất Thành (kết nối quận 1 với quận 4) đoạn trước cảng Sài Gòn thường xuyên tắc nghẽn và là 1 trong 37 điểm ùn tắc giao thông của thành phố.
Điều đáng lo ngại là sau khi hoàn tất việc di dời cảng Sài Gòn, Công ty trách nhiệm hữu hạn Đầu tư phát triển đô thị Ngọc Viễn Đông sẽ xây dựng khu nhà cao tầng chức năng hỗn hợp gồm trung tâm thương mại dịch vụ, căn hộ (3.116 căn), biệt thự (32 căn) sẽ gia tăng áp lực dân số lên tuyến đường Nguyễn Tất Thành. Trong khi đó, dự án đầu tư mở rộng đường Nguyễn Tất Thành (vốn đầu tư 4.669 tỷ đồng) hiện vẫn chưa được triển khai.
