Theo Tổng cục ĐBVN, ngày 1/1/2018 Tổng cục có Quyết định số 4209/QĐ - TCĐBVN về việc thành lập Đoàn kiểm tra công tác sao lưu dữ liệu thu phí tại các trạm thu phí dịch vụ sử dụng đường bộ.
Ngày 28/11/2018, Đoàn kiểm tra đã thực hiện kiểm tra công tác sao lưu dữ liệu thu phí tại các trạm thu phí thuộc Dự án : Đầu tư nâng cấp tuyến đường Pháp Vân - Cầu Giẽ, thành phố Hà Nội theo hình thức BOT do Công ty cổ phần BOT Pháp Vân - Cầu Giẽ quản lý và khai thác.
Trên cơ sở kết quả kiểm tra, Tổng cục ĐBVN đã có Thông báo số 121/TB - TCĐBVN ngày 03/ 4/2019 yêu cầu Công ty cổ phần BOT Pháp Vân - Cầu Giẽ phải thực hiện ngay công tác sao lưu dữ liệu thu phí.
Tuy nhiên, đến ngày 13/5/2019, theo báo cáo Cục Quản lý đường bộ 1, Công ty cổ phần BOT Pháp Vân - Cầu Giẽ vẫn chưa thực hiện sao lưu dữ liệu thu phí theo yêu cầu.
Do đó, Tổng cục ĐBVN báo cáo Bộ GTVT phương án xử lý là yêu cầu Công ty cổ phần BOT Pháp Vân - Cầu Giẽ dừng thu phí kể từ ngày 10/6/2019 cho đến khi Công ty cổ phần BOT Pháp Vân - Cầu Giẽ thực hiện sao lưu dữ liệu thu phí dịch vụ theo đúng quy định.
Tổng cục Đường bộ yêu cầu BOT Pháp Vân- Cầu Giẽ dừng thu phí từ 10/6.
Liên quan tới vấn đề này, trao đổi với báo chí, ông Phạm Văn Khôi, Tổng giám đốc Công ty Cổ phần BOT Pháp Vân - Cầu Giẽ cho biết: "Văn bản của Tổng Cục ĐBVN chỉ nhằm yêu cầu đơn vị lắp đặt thiết bị về sao lưu dữ liệu có thời gian 5 năm. Trước đó, của đơn vị chỉ là 1,5 năm. Văn bản yêu cầu đơn vị phải lắp đặt thiết bị về sao lưu dữ liệu có thời gian 5 năm, hoàn thành trước ngày 10/6. Nếu không thì báo cáo về Bộ GTVT chứ chúng tôi không làm gì mà phải dừng thu phí. Đơn vị sẽ lắp đặt xong thiết bị trước thời hạn".
Tuyến cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ dài 29 km, có tổng mức đầu tư 6.731 tỷ đồng được chia thành hai giai đoạn (giai đoạn 1 mức đầu tư là 1.973 tỷ thực hiện năm 2015 với việc nâng cấp cao tốc 4 làn xe; giai đoạn 2 mức đầu tư 4.757 tỷ đồng mở rộng cao tốc thành 6 làn xe từ năm 2016, hoàn thành vào cuối năm 2017. Thời gian thu phí dự án hoàn vốn là 17 năm 2 tháng.
Cổ đông lớn nhất tại dự án có số vốn điều lệ 823 tỷ đồng này là Công ty cổ phần Đầu tư phát triển xây dựng Minh Phát (nắm 65% vốn điều lệ, giữ vị trí Tổng giám đốc), hai cổ đông khác là Công ty cổ phần đầu tư và xây dựng giao thông Phương Thành sở hữu 17%, Cienco1 sở hữu 18% vốn điều lệ.
Nhưng chỉ một thời gian ngắn sau khi đưa vào sử dụng, do nghi ngờ thiếu minh bạch trong việc thu phí nên các cổ đông của BOT Pháp Vân - Cầu Giẽ từng tổ chức lắp camera tự đếm xe để giám sát. Sau đó, Tổng cục Đường bộ Việt Nam đã lập đoàn kiểm tra, giám sát việc thu phí tại trạm này trong 10 ngày (từ 18 giờ ngày 10/7/2016 đến 18 giờ ngày 20/7/2016).
Kết quả giám sát nhấn mạnh không có chênh lệch, khác biệt lớn giữa số liệu kiểm tra giám sát về công tác thu phí và số liệu của đơn vị báo cáo. Thiết bị hậu kiểm giám sát thu phí hoạt động bình thường, không có sự cố. Hình ảnh và video xe qua trạm liên tục không ngắt quãng. Kết quả thu phí bình quân 1,9 tỉ đồng/ngày, cao hơn so với các tháng trước đó (1 - 1,6 tỉ đồng/ngày).