Tại các khu vực bị ngập nước, các nguồn nước, công trình cấp, thoát nước, công trình vệ sinh bị phá hủy khiến tình trạng thiếu nước sạch sinh hoạt càng trở nên nghiêm trọng. Để có nguồn nước sinh hoạt an toàn sau mưa lũ, bảo đảm sức khỏe và phòng tránh các dịch bệnh xảy ra, việc xử lý nước ăn, uống, sinh hoạt là rất quan trọng. Loại hóa chất đang được sử dụng rộng rãi nhất hiện nay là Cloramin B và Aquatabs 67mg. Đây là hóa chất được Bộ Y tế khuyến cáo các địa phương sử dụng trong xử lý nước cho nhân dân trong và sau bão lụt.