Cụ thể, Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hoà Bình giao Bộ Công an chỉ đạo cơ quan điều tra tiến hành điều tra, xác minh làm rõ việc Công ty Việt Nam Pharma nhập khẩu, lưu hành 6 loại thuốc mang nhãn hiệu do Công ty Health 2000 sản xuất tại Canada (nhưng trên thực tế Công ty Health 2000 không có nhà máy sản xuất tại Canada).
Quá trình điều tra nếu có dấu hiệu tội phạm thì khởi tố vụ án theo quy định pháp luật và báo cáo Thủ tướng Chính phủ trong tháng 8/2018.
Nguyễn Minh Hùng - nguyên tổng giám đốc VN Pharma.
Theo hồ sơ vụ án, năm 2013-2014, chủ tịch của VN Pharma Nguyễn Minh Hùng đặt Võ Mạnh Cường (Giám đốc Công ty hàng hải quốc tế H&C) mua tân dược của Công ty Helix Pharmaceuticals Canada sản xuất để cung cấp cho các bệnh viện ở Việt Nam. Do không có hồ sơ kỹ thuật, tiêu chuẩn và phương pháp kiểm nghiệm thuốc để nộp cho Cục Quản lý dược (Bộ Y tế) thẩm định theo quy định, Hùng chỉ đạo nhân viên thuê người làm hồ sơ kỹ thuật thuốc H-Capita 500mg giả.
Các nhân viên của VN Pharma còn làm giả các chứng từ, thủ tục thanh toán để được Bộ Y tế cấp giấy phép nhập khẩu 9.300 hộp thuốc H-Capita 500mg Caplet để chữa bệnh ung thư, trị giá hơn 250.000 USD (hơn 5,3 tỷ đồng).
Tuy nhiên, sau khi nhập khẩu, Cục Quản lý dược thanh tra VN Pharma, kiểm tra lô hàng thì phát hiện đây là hàng giả. Kết quả mẫu giám định của Bộ Y tế cho thấy, lô thuốc nhập khẩu này chứa 97% hoạt chất capecitabine - là thuốc không rõ nguồn gốc, kém chất lượng, không được sử dụng làm thuốc chữa bệnh cho người.
Tại bản án tuyên tháng 8/2017, TAND TP Hồ Chí Minh tuyên phạt ông Hùng, Cường mức án 12 năm tù về tội Buôn lậu. 7 bị cáo đồng phạm nhận từ 2 năm tù treo tới 5 năm tù về tội Buôn lậu hoặc Làm giả con dấu tài liệu của cơ quan tổ chức.
Sau phiên sơ thẩm, ông Hùng và một số đồng phạm có đơn xin giảm nhẹ hình phạt. Trong khi đó cho rằng bản án quá nhẹ, VKSND Cấp cao tại TP HCM kháng nghị hủy toàn bộ bản án điều tra xét xử lại.
Ngày 30/10/2017, cấp phúc thẩm xác định đây là vụ án phức tạp, gây bức xúc lớn trong dư luận, xã hội, cấp sơ thẩm có dấu hiệu bỏ lọt người, lọt tội nên yêu cầu điều tra, xét xử lại.
Tòa Cấp cao đánh giá hành vi của các bị cáo có dấu hiệu phạm tội Sản xuất, buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh, tuy nhiên cấp sơ thẩm xử tội Buôn lậu và Làm giả con dấu tài liệu của cơ quan tổ chức là chưa phản ánh đúng bản chất, toàn diện vụ án. Hành vi của Hùng, Cường thỏa mãn các dấu hiệu tội Làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan tổ chức. Việc cấp sơ thẩm không xử hai người về tội này là bỏ lọt tội.
Nhiều bệnh viện ở TP Hồ Chí Minh đã trúng thầu của Công ty Health 2000 Inc Canada.
Theo kết quả trúng thầu thuốc vào Sở Y tế và các bệnh viện năm 2013-2014 do Bộ Y tế thống kê, các thuốc: H2K Ciprofloxacin (số đăng ký VN-11531-10), H2K Levofloxacin 500mg/100ml (VN-11532-10), Vipanzol 40mg (VN-17965-14), Kafotax-1000 (VN-8496-09)... của Công ty Health 2000 Inc Canada trúng thầu vào một trong số các cơ sở y tế, gồm: Bệnh viện Đa khoa Lệ Thủy, tỉnh Quảng Bình (với số tiền 9,6 triệu đồng), Bệnh viện Đa khoa Tuyên Quang (552 triệu đồng), Bệnh viện Đa khoa tỉnh Kiên Giang (630 triệu đồng), Bệnh viện Đa khoa Xanh Pôn, TP Hà Nội (140 triệu đồng), Sở Y tế Hà Tĩnh (gần 438 triệu đồng), Sở Y tế Hậu Giang (gần 64 triệu đồng), Sở Y tế Hưng Yên (hơn 3,2 tỉ đồng), Sở Y tế Bến Tre (hơn 1,1 tỉ đồng), Sở Y tế Bình Phước (173 triệu đồng).
Báo cáo của các bệnh viện gửi về Sở Y tế TP Hồ Chí Minh cũng cho thấy có 3/57 bệnh viện do ngành y tế TP quản lý trúng thầu và có sử dụng thuốc trúng thầu của Công ty Health 2000 Inc Canada, gồm: Bệnh viện Trưng Vương, Bệnh viện Nguyễn Tri Phương và Bệnh viện Đa khoa khu vực Củ Chi.