1. Người khai phải khai đầy đủ thông tin trên tờ khai theo các chỉ tiêu thông tin quy định và gửi các chứng từ thuộc hồ sơ HQ cho cơ quan HQ thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.
Trường hợp khai trên tờ khai giấy thì người khai thực hiện theo hướng dẫn tại Phụ lục IV ban hành kèm Thông tư 38 và nộp, xuất trình bộ hồ sơ theo quy định tại Điều 16 Thông tư 38 (được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 5 Điều 1 Thông tư 39) cho cơ quan hải quan khi đăng ký tờ khai hải quan.
Trường hợp NK nguyên liệu, vật tư để gia công, sản xuất XK, và XK sản phẩm gia công, sản xuất XK, người khai phải khai mã sản phẩm XK, mã nguyên liệu, vật tư NK phù hợp với thực tế quản trị, sản xuất tại chỉ tiêu mô tả hàng hóa theo hướng dẫn của Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 38 (được thay thế bởi Phụ lục I Thông tư 39) trên tờ khai khi làm thủ tục.
2. Hàng hoá XK, NK theo các loại hình khác nhau thì phải khai trên tờ khai khác nhau theo từng loại hình tương ứng.
3. Một tờ khai được khai báo cho lô hàng có một hóa đơn. Trường hợp khai đối với lô hàng nhiều hóa đơn trên một tờ khai, người khai lập Bảng kê hóa đơn thương mại hàng hóa XK, NK gửi kèm tờ khai đến Hệ thống.
Trường hợp khai tờ khai giấy, người khai phải khai đầy đủ số, ngày, tháng, năm của hóa đơn và tổng lượng hàng trên tờ khai, nếu không thể khai hết các hóa đơn trên tờ khai thì lập bản kê chi tiết kèm theo tờ khai.
4. Hàng hoá XK, NK không chịu thuế, miễn thuế theo quy định thì khi khai phải khai các chỉ tiêu thông tin liên quan đến không chịu thuế, miễn thuế.
5. Hàng hóa XK,NK thuộc diện được giảm thuế so với quy định thì khi khai mức thuế trên tờ khai giấy phải khai cả mức thuế trước khi giảm, tỷ lệ phần trăm thuế được giảm và văn bản quy định về việc này.
6. Hàng hóa XK,NK là phương tiện vận tải đường biển, đường sông, đường hàng không, đường sắt thì người khai phải khai và hoàn thành thủ tục XK trước khi làm thủ tục xuất cảnh, trừ trường hợp bán hàng sau khi phương tiện vận tải đã xuất cảnh; khai và làm thủ tục nhập cảnh trước khi làm thủ tục NK; trường hợp là phương tiện vận tải đường bộ hoặc phương tiện được các phương tiện khác vận chuyển qua cửa khẩu thì chỉ phải khai và làm thủ tục XK,NK, không phải làm thủ tục xuất cảnh, nhập cảnh.
7. Người khai được sử dụng kết quả giám định, phân tích của các tổ chức có chức năng theo quy định của pháp luật để khai các nội dung có liên quan đến tên hàng, mã số, chất lượng, chủng loại, số lượng và các thông tin khác liên quan đến lô hàng XK,NK.
Người khai được sử dụng kết quả phân tích, phân loại của lô hàng đã được thông quan trước đó để khai tên hàng, mã số cho các lô hàng tiếp theo có cùng tên hàng, thành phần, tính chất lý hóa, tính năng, công dụng, NK từ cùng một nhà sản xuất trong thời hạn 03 năm kể từ ngày có kết quả phân tích, phân loại; trừ trường hợp quy định của pháp luật làm căn cứ ban hành thông báo kết quả phân tích, phân loại hàng hóa XK,NK được sửa đổi, bổ sung, thay thế.
8. Trường hợp việc khai tạm nhập, tạm xuất thực hiện trên tờ khai giấy thì việc khai đối với hàng hóa tái xuất, tái nhập thực hiện trên tờ khai giấy.
9. Một vận đơn phải được khai trên một tờ khai NK. Trường hợp một vận đơn khai cho nhiều tờ khai, nhiều vận đơn khai trên một tờ khai hoặc hàng hóa NK không có vận đơn thì người khai thực hiện theo hướng dẫn tại mẫu số 01 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 38 (được thay thế bởi Phụ lục I Thông tư 39).
10. Khi đăng ký tờ khai XK, người khai phải khai đầy đủ số hiệu container trên tờ khai đối với hàng hóa XK vận chuyển bằng container và số quản lý hàng hóa XK theo hướng dẫn tại mẫu số 02 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 38 (được thay thế bởi Phụ lục I Thông tư 39).
Trường hợp hàng hóa thuộc nhiều tờ khai XK của cùng một chủ hàng đóng chung container hoặc chung phương tiện chứa hàng thì người khai phải thông báo thông tin hàng hóa đóng chung container, chung phương tiện chứa hàng theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 15 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 38 (được thay thế bởi Phụ lục I Thông tư 39) thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan trước khi thực hiện các thủ tục đưa hàng qua khu vực giám sát hải quan.
11. Trường hợp hàng hóa XK,NK phục vụ trực tiếp an ninh quốc phòng thuộc diện miễn khai, miễn kiểm tra thực tế, người khai nộp văn bản đề nghị miễn khai, miễn kiểm tra thực của Bộ trưởng Bộ Công an, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng cho cơ quan hải quan nơi làm thủ tục để tổ chức giám sát số hàng này.
12. Hàng hóa XK,NK thuộc diện phải có giấy phép của cơ quan quản lý chuyên ngành thì phải có giấy phép tại thời điểm đăng ký tờ khai và phải khai đầy đủ thông tin giấy phép trên tờ khai theo hướng dẫn tại mẫu số 01 hoặc mẫu số 02 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 38 (được thay thế bởi Phụ lục I Thông tư 39).
13. Trường hợp hàng hóa gửi nhầm, gửi thừa so với hợp đồng mua bán hàng hóa, người khai thực hiện khai bổ sung theo quy định tại khoản 4 Điều 20 hoặc từ chối nhận hàng theo quy định tại Điều 95, Điều 96 Thông tư 38 (được thay thế bởi Phụ lục I Thông tư 39).
14. Trường hợp hệ thống khai hải quan điện tử của người khai không thực hiện được thủ tục hải quan điện tử, người khai có văn bản thông báo cho Chi cục Hải quan nơi dự kiến làm thủ tục và lựa chọn phương thức khai thông qua đại lý hải quan hoặc tại trụ sở cơ quan hải quan.
Căn cứ vào phương thức khai hải quan do người khai đăng ký, Chi cục Hải quan nơi dự kiến làm thủ tục hướng dẫn người khai thực hiện thủ tục hải quan.
15. Trường hợp hàng hóa thuộc diện phải thông báo Danh mục miễn thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 17 Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu 2016 thì chủ dự án phải thông báo Danh mục miễn thuế theo các chỉ tiêu thông tin quy định.
