Theo thống kê của ngành nông nghiệp, sản xuất cây ăn quả cả nước và các tỉnh, thành ĐBSCL nói riêng được quan tâm đầu tư và phát triển khá toàn diện, liên tục tăng trưởng cả về diện tích, sản lượng và giá trị, phục vụ cho nhu cầu tiêu thụ trong nước và xuất khẩu. Tuy nhiên, biến đổi khí hậu và thời tiết cực đoan xảy ra với mật độ thường xuyên, hạn hán và xâm nhập mặn những năm gần đây đã ảnh hưởng lớn sản xuất cây ăn quả tại các tỉnh, thành ĐBSCL.
Cũng theo Cục Trồng trọt, năm 2019 diện tích cây ăn quả vùng ĐBSCL bị ảnh hưởng khô hạn, xâm nhập mặn khoảng 25,12 nghìn ha (gồm: Cây sầu riêng 9,64 nghìn ha, bưởi 5,74 nghìn ha, chanh 2,34 ngìn ha, chôm chôm 4,61 nghìn ha, hồng xiêm 0,10 nghìn ha và cây ăn quả khác 2,65 nghìn ha).
Theo Tộng Cục Thủy lợi, xâm nhập mặn năm 2019-2020 đã ảnh hưởng đến 10/13 tỉnh ĐBSCL. Phạm vi ảnh hưởng của xâm nhập mặn với ranh 4g/l là 1.688.600 ha chiếm 42,5% diện tích tự nhiên toàn vùng, so với năm 2016 cao hơn 50.376 ha. Trong đó, diện tích cây ăn quả bị ảnh hưởng do khô hạn, xâm nhập mặn khoảng 25.116 ha (gồm: Long An 2.494 ha, Tiền Giang 6.987 ha, Bến Tre 13.500 ha, Vĩnh Long 1.808 ha, Trà Vinh 271 ha, Sóc Trăng 57 ha); trong đó thiệt hại mất trắng (thiệt hại trên 70%) khoảng 11.181 ha.
Thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ về đẩy nhanh tiến độ các công trình thủy lợi, kịp tham gia kiểm soát mặn, ngọt ngay trong mùa khô 2019-2020, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cùng với các địa phương đã đẩy nhanh tiến độ thi công các dự án đầu tư xây dựng do Bộ quản lý vượt kế hoạch từ 6-13 tháng, 5 dự án đã được đưa vào tạm thời vận hành phòng, chống xâm nhập mặn từ tháng 12/2019, tháng 1/2020, như: Cống  u Ninh Quới (HTTL Quản Lộ- Phụng Hiệp); Trạm bơm Xuân Hòa (tỉnh Tiền Giang); các cống Tân Dinh, Bông Bót, Vũng Liêm (Hệ thống thủy lợi Nam Măng Thít), 18 cống kiểm soát mặn thuộc Dự án Bắc Bến Tre giai đoạn 1; Nạo vét kênh Mây Phốp – Ngã Hậu,… Các công trình này đã chủ động trực tiếp kiểm soát xâm nhập mặn khoảng 83.000 ha và hỗ trợ kiểm soát ảnh hưởng xâm nhập mặn cho 300.000 ha. Trong thời gian tới, một số dự án đang được thực hiện sẽ tiếp tục bảo đảm chủ động kiểm soát xâm nhập mặn tốt hơn, như: Hệ thống thủy lợi Bắc Bến Tre, Cái Lớn - Cái Bé, Tứ Giác Long Xuyên,...
Theo dự báo của Tổng Cục Thủy lợi, tình hình nguồn nước mùa khô năm 2020 - 2021 và giải pháp phòng, chống hạn hán, xâm nhập mặn cho cây ăn quả vùng ĐBSCL do mùa khô năm 2019-2020 xuất hiện sớm, kéo dài, mức độ gay gắt và liên tục duy trì ở mức cao trong cả mùa khô, ảnh hưởng nghiêm trọng đến sản xuất nông nghiệp và dân sinh. Nguồn nước về ĐBSCL từ đầu mùa mưa năm 2020 đang bị thiếu hụt, nguy cơ xảy ra hạn hán, xâm nhập mặn ở mức cao đến nghiêm trọng trong mùa khô năm 2020-2021.
Năm 2020 được dự báo tiếp tục là năm ít nước, lũ về ĐBSCL nhỏ. Theo nhận định của Trung tâm dự báo Khí tượng thủy văn Quốc Gia, xâm nhập mặn vùng cửa sông Nam Bộ sẽ cao hơn trung bình nhiều năm, nhưng nhiều khả năng không gay gắt như năm 2019- 2020. Theo tính toán của các cơ quan khoa học thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, xâm nhập mặn mùa khô năm 2020-2021, dự kiến có thể xảy ra 2 kịch bản.
Theo kịch bản 1 (lượng mưa như dự báo): Mặn xâm nhập lớn nhất ở một số thời đoạn vào thời kỳ tháng 2, 3/2021 có khả năng ảnh hưởng đến gần 50.000 ha diện tích cây ăn trái.
Theo kịch bản 2 (lượng mưa thấp hơn dự báo): Mặn xâm nhập lớn nhất ở một số thời đoạn vào thời kỳ tháng 2, 3/2021 có khả năng ảnh hưởng đến gần 82.000 ha diện tích cây ăn trái.
Trước những thiệt hại nghiệm trọng do hạn mặn cho vùng trồng cây ăn trái lớn nhất cả nước. Thứ trưởng Bộ NN&PTNT Lê Quốc Doanh khẳng định, cây ăn trái luôn cho hiệu quả kinh tế cao nhất trong các loại cây trồng ở vùng ĐBCSL. Nhằm bảo vệ sản xuất cây ăn trái trước biến đổi khí hậu, các bộ, ngành trung ương luôn phải bám sát kế hoạch sản xuất của các tỉnh, để dự báo và chỉ đạo các giải pháp phòng chống hạn, mặn, phòng chống sinh vật gây hại.
Thứ trưởng Lê Quốc Doanh chỉ đạo các Cục Trồng trọt, Cục Bảo vệ thực vật, Trung tâm khuyến nông Quốc Gia, Tổng cục Thủy lợi và các đơn vị chuyên môn của Bộ NN&PTNT thành lập các đoàn công tác sớm rà soát, đánh giá công tác khắc phục trước, trong và sau hạn mặn đối với vườn cây ăn quả, ban hành giải pháp và tài liệu hướng dẫn các địa phương chủ động triển khai sớm trước mùa khô 2020-2021.
Thứ trưởng Lê Quốc Doanh cho rằng, Sở NN&PTNT các địa phương phối hợp với các đơn vị thuộc Bộ tăng cường rà soát các diện tích khoanh vùng cụ thể theo từng chủng loại cây, từng khu vực, khảo sát hệ thống công trình thủy lợi, cân đối nguồn nước, khả năng tích trữ của từng nhà vườn và của cộng đồng và có giải pháp cho từng vùng sản xuất.
Đồng thời, cần tăng cường công tác thông tin, tuyên truyền, quảng bá, phối hợp với các đơn vị, viện, trường, doanh nghiệp có các giải pháp công nghệ, kỹ thuật hạn chế, khắc phục ảnh hưởng của hạn, mặn đến sản xuất cây ăn trái, triển khai mô hình và mở rộng các mô hình đạt kết quả tốt, hiệu quả lâu dài.
Riêng công tác quản lý, cấp mã số vùng trồng, Bộ NN&PTNT sẽ tiếp tục đề nghị các địa phương xây dựng các chuỗi liên kết khép kín, từ vùng trồng, nhà đóng gói và xuất khẩu, nhằm tăng khả năng cạnh tranh cho trái cây ĐBSCL, đáp ứng nhu cầu mở rộng thị trường xuất khẩu.